Zona Industri Penangkapan Ikan wilayah kode 03 meliputi WPPNRI 715 Teluk Tomini, Laut Maluku, Laut Halmahera, Laut Seram, dan Teluk Berau dan WPPNRI 718 Laut Aru, Laut Arafuru, dan Laut Timor bagian Timur.
Pelabuhannya terdiri dari: 1) Pelabuhan Perikanan Ambon New Port Maluku; 2) Pelabuhan Perikanan Nusantara Tual Maluku; 3) Pelabuhan Perikanan Nusantara Merauke Papua; 4) Pelabuhan Perikanan Poumako Mimika, Papua; 5) Pelabuhan Perikanan Benjina Kepulauan Aru Maluku; 6) Pelabuhan Perikanan Pantai Sorong Papua; dan 7) Pelabuhan Perikanan Samudera Kendari Sulawesi Tenggara; 8) Pelabuhan Perikanan Ukularan Kepulauan Tanibar Maluku; dan 9) Pelabuhan Pangkalan lain yang ditetapkan oleh Menteri.
Selanjutnya Zona Industri Penangkapan Ikan wilayah kode 04, meliputi WPPNRI 572 Samudera Hindia sebelah Barat Sumatera dan Selat Sunda, WPPNRI 573 Samudera Hindia sebelah selatan Jawa hingga sebelah selatan Nusa Tenggara, Laut Sawu, dan Laut Timor bagian Barat, dan laut lepas Samudera Hindia, diatas 12 (dua belas) mil laut.
Pelabuhannya terdiri dari: 1) Pelabuhan Perikanan Samudera Bungus Padang Sumatera Barat; 2) Pelabuhan Perikanan Samudera Nizam Zachman Jakarta Utara; 3) Pelabuhan Perikanan Nusantara Palabuhan Ratu Sukabumi Jawa Barat; 4) Pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap Jawa Tengah; 5) Pelabuhan Perikanan Bolok, Kupang NTT; 6) Pelabuhan Perikanan Nusantara Pengambengan Negara Bali; dan 7) Pelabuhan Pangkalan lain yang ditetapkan oleh Menteri.
Kedua, Zona Nelayan Lokal Setempat meliputi wilayah WPPNRI 571 Selat Malaka dan Laut Andaman, WPPNRI 712 Laut Jawa, dan Wapres 713 Selat Makassar, Teluk Bone, Laut Flores, dan Laut Bali. Ketiga; Zona Pemijahan dan Pengasuhan Ikan (Spawning and Nursery Grounds) terdiri dari WPPNRI 714 Teluk Tolo dan Laut Banda.
